داستان Ghost of Tsushima در سال ۱۲۷۴ میلادی جریان دارد؛ یعنی اواسط قرن سیزدهم که در این دوره، ژاپن با نظام فئودالی و سلطه سامورایی‌ها اداره می‌شد. زندگی اجتماعی، سیاسی و نظامی مردم تحت تأثیر شدید سلسله‌مراتب و وفاداری به اربابان قرار داشت و سامورایی‌ها نه تنها جنگجویان حرفه‌ای، بلکه نماد شرافت، وفاداری و هویت فرهنگی ژاپن به‌شمار می‌رفتند.
اما همزمان با این دوره، نقاط دیگری از جهان نیز وقایع مهمی را تجربه می‌کرد. امپراتوری مغول‌ها به شتاب در آسیا گسترش یافته بود و بزرگ‌ترین امپراتوری جهان را ایجاد کرده بود. مغول‌ها به دلیل تاکتیک‌های نظامی بی‌رحمانه و منظم، بر بسیاری از سرزمین‌ها مسلط شده بودند.
در طول بیش از ۳ دهه، مغول‌ها بی‌وقفه به کره حمله کردند و پادشاه Gojong را مجبور به پناه گرفتن کردند. در طول این دوره‌ی بی‌ثباتی، دزدان دریایی ژاپنی از فرصت استفاده کردند تا بارها به سواحل کره حمله کنند. این حملات از دید حاکمان مغول پنهان نماند تا این که خان بزرگ مغول از وجود ژاپن و ثروت بزرگی که در ارتباط با این کشور در شایعات مطرح می‌شد، مطلع شد.
در دهه ۱۲۶۰، مغول‌ها چند فرستاده را به ژاپن مأمور کردند تا خواستار پذیرش سلطه و برتری‌ها توسط ژاپنی‌ها شوند. در این زمان بود که جزیره سوشیما به دلیل موقعیت استراتژیک خود، به توقفگاه کلیدی فرستادگان مغول تبدیل شده بود. با این حال، دولت نظامی حاکم بر ژاپن دائماً از ملاقات با فرستادگان مغول خودداری می‌کرد.
در سال ۱۹۶۹، گروهی از فرستادگان مغول در مسیر برگشت دو ماهیگیر محلی از اهالی سوشیما را دستگیر کردند و نزد خان مغول بردند. خان با نشان دادن قدرت و سلطه‌ی خود از آن‌ها خواست تا نوتیفیکیشن برتری او را به حاکمان ژاپن ابلاغ کنند. با این حال، این حرکات نشان دادنی سیاسی تأثیری در موضع ژاپن نداشت. تا این که مغول‌ها در سال ۱۲۷۴ تصمیم به حمله به خاک سوشیما گرفتند.
در این سال، امپراتوری مغول به رهبری خاناتون خان برای نخستین بار به ژاپن حمله کرد. جزیره‌ی سوشیما، در جنوب غربی ژاپن، نخستین خط دفاعی در برابر این تهاجم بی‌رحمانه بود و اهمیت استراتژیک بالایی داشت.
حمله‌ی وحشیانه مغول‌ها با بیش از ۲۰ هزار سرباز باعث فروپاشی سریع مقاومت سامورایی‌ها شد و سرزمین سوشیما را در معرض نابودی کامل قرار داد. جین ساکای، آخرین سامورایی بازمانده، با حفظ وفاداری خود به لرد شیمورا، مجبور می‌شود قوانین قدیمی سامورایی را کنار بگذارد تا سرزمینش را نجات دهد. او نمادی از امید و مقاومت مردم سوشیما است که تحول او از یک سامورایی وفادار به یک روح ناشناس، محور اصلی روایت و تجربه‌ی حماسی بازی را تشکیل می‌دهد.
