اما به‌زودی مشخص می‌شود که اگزاویر زنده است و در میان امپراتوری فضایی شی‌یار زندگی می‌کند. او در نهایت به زمین بازمی‌گردد تا در برابر بستین، دشمن قدرتمند جدید که ترکیبی از انسان و ربات سنتینل بود به تیمش کمک کند، اما این نبرد باعث پرتاب مردان ایکس در طول زمان می‌شود. در نهایت فصل اول، سایکلاپس و جین گری در آینده‌ی سال ۳۹۶۰ میلادی گرفتار می‌شوند، در‌حالی‌که روگ، بیست، نایت‌کراولر، چارلز اگزاویر و مگنیتو در مصر باستان ۳۰۰۰ پیش از میلاد سر از خاک درمی‌آورند و با ورژن‌ی جوان آپوکالیپس روبه‌رو می‌شوند.
نیز نشانه‌هایی هست که گمبیت که ظاهراً در نبرد با سنتینل‌ها کشته شده بود هنوز زنده است. از سوی دیگر، مگنیتو در قسمت ماقبل آخر، آدامانتیوم را از بدن وولورین خارج کرد که همین موضوع یکی از محورهای اصلی فصل دوم است.
بو دمایو، نویسنده‌ی اصلی فصل اول پیش از پخش فصل اول و پس از پایان کار روی فصل دوم از مارول اخراج و جدا شد. متئو چانسی، نویسنده انیمیشن What If نگارش فصل سوم انیمیشن X-Men ’۹۷ را بر عهده دارد.
